2012年，貿仲委被指定為《海峽兩岸投資保護和促進協議》項下的投資爭端解決機構之一，以調解方式解決臺灣投資者與內地方的投資爭端。

2017年，貿仲委被指定為內地與香港、澳門分別簽訂的《<關于建立更緊密經貿關系的安排>投資協議》（簡稱“《CEPA投資協議》”）項下的內地方調解機構之一，港澳投資者可以依據《CEPA投資協議》第十九條的規定，向貿仲委申請調解其與內地實施具體行政行為的特定部門或機構之間的投資爭端。

貿仲委《CEPA投資協議》投資爭端調解規則已于2018年12月12日起生效實施。貿仲委CEPA投資爭端調解員名冊現有調解員55名，其中內地38名，香港13名，澳門4名。

貿仲委將依托其豐富的爭議解決經驗和爭議解決專家資源，公平高效地為當事人提供投資爭端調解服務，為促進內地和臺港澳經濟交往和相互投資的發展、完善我國投資爭端解決機制發揮積極作用。